അഭിഷേക പ്രിയനായ അയ്യപ്പന് നേർച്ചകളിൽ പ്രധാനമാണ് പുഷ്പാഭിഷേകം. കർണാടക, തമിഴ്നാട് എന്നിവിടങ്ങളിൽ നിന്നുമെത്തിക്കുന്ന പൂക്കളാണ് അഭിഷേകത്തിനായി ഉപയോഗിക്കുന്നത്. സന്നിധാനത്ത് അയ്യപ്പ ഭക്തന്മാരുടെ വരവ് വർദ്ധിച്ചതോടെ നിരവധി ഭക്തരാണ് പുഷ്പാഭിഷേകത്തിനായി എത്തുന്നത്.

തുളസി, തെറ്റി, അരളി, റോസാ, ജമന്തി, കൂവളം തുടങ്ങി ഏഴോളം പൂക്കളാണ് പുഷ്പാഭിഷേകത്തിനായി ഉപയോഗിക്കുന്നത്. ദീപാരാധന കഴിഞ്ഞുള്ള സന്ധ്യാ സമയത്താണ് അയ്യപ്പന്റെ ഇഷ്ടാഭിഷേകങ്ങളിൽ ഒന്നായ പുഷ്പാഭിഷേകം നടത്തുന്നത്. പതിനായിരം രൂപയാണ് ആറ് കൂടകളിലായി ലഭിക്കുന്ന പൂക്കളുടെ വില. പൂക്കൾക്കൊപ്പം അയ്യപ്പന് ചാർത്താനുള്ള ഏലക്കാ മാലയും കിരീടവുമുണ്ടാകും.

നെയ്യ് അഭിഷേകവും അഷ്ടാഭിഷേകവും കഴിഞ്ഞ് വിഗ്രഹം ചൂടാകുമത്രെ. അപ്പോൾ വിഗ്രഹം തണുപ്പിക്കാനായി പുഷ്പാഭിഷേകം കളഭാഭിഷേകവും നടത്താറുണ്ട്. കർണാടകയിലെ ബംഗലൂരു. തമിഴ്നാട്ടിലെ സേലം, ദിണ്ഡികൽ എന്നിവിടങ്ങളിൽ നിന്നുമാണ് അഭിഷേകത്തിനായുള്ള പൂക്കൾ സന്നിധാനത്തെത്തിക്കുന്നത്.